南京申报企业的申请条件和流程如下：

申请条件：

通过全国企业信用信息公示系统、信用中国（江苏南京）网站或江苏省市场监督管理局网站查询，企业无经营异常、严重违法失信行为；

企业正常开展经营活动满一年；

距离Zui近一次认定为高新技术企业满两年以上；

已认定的高新技术企业，距离Zui近一次通过认定满三年。

申请流程：

企业网上注册：注册江苏省科学技术厅政务服务网账号；

网上填报：登录江苏省科学技术厅政务服务网，在线填写《高新技术企业认定申请书》，上传相关附件材料；

提交材料：企业向所在市科技局提交书面材料和电子材料；

审核：各市科技局审核企业申报材料，并出具推荐函；

报送：各市科技局将推荐企业申报材料报送省高企办。