申请认定高新技术企业的步骤如下：

自我评价。企业应对照《认定办法》和本《工作指引》进行自我评价。

注册登记。企业登录"高新技术企业认定管理工作网"，按要求填写《企业注册登记表》，并通过网络系统提交至认定机构。对涉密企业，须将申请认定高新技术企业的申报材料做脱密处理，确保涉密信息安全。